Les Conservatoire botaniques s’emploient à contribuer à la conservation de la flore, de la fonge, des ressources phytogénétiques sauvages, des végétations, des habitats et des espaces, et à la restauration écologique. A ce titre, ils apportent un appui à l’État, aux collectivités territoriales et à leurs groupements, ainsi qu’à leurs établissements, et aux gestionnaires d’espaces, pour la conservation in situ et la restauration écologique des habitats ainsi que du patrimoine végétal et fongique. Ils assurent aussi la conservation ex situ de matériel végétal et fongique, notamment à travers la gestion de collections conservatoires et de banques de graines et autres diaspores.
La capacité d’expertise des conservatoires les amènent à guider les décideurs publics sur les priorités de conservation, à proposer des mesures de préservation auprès des gestionnaires et des propriétaires, à assurer des stocks de survie des plantes menacées d’extinction ou encore à suggérer des évolutions du cadre règlementaire.